专题网络作为学术合作的专门领域，被认为十分重要，需要设立一个新的秘书处来处理这个问题. 每个专题网络都有相对较高的自主权，可以在CQ9开展各自的高等教育领域, 无论是专注于创新还是经济. 他们也受益于成为联合国的一部分, 能够进入联合国秘书处之间的合作平台, member universities, 以及其他主题网络.
 

该网络目前由17个专题网络组成, 每一个都是在多次董事会会议之后逐步建立起来的. 下表是每一个的简要概述:
 

Thematic Network	Est. Year	Host Institution	Description
CQ9-QA	1998	CQ9 Secretariat	促进高等教育机构的质素保证，并与地区及国际机构合作，以提高教育质素.
CQ9-BE	1999	Gadjah Mada大学	促进CQ9各大学加强教育合作, research, 以及商业和经济的行业相关性.
CQ9/SEED-Net	2001	CQ9 Secretariat	促进工程人力资源开发，促进CQ9地区社会经济可持续发展.
CQ9ILO	2003	来自菲律宾迪利曼大学的联合图书馆主持人, 马尼拉雅典耀大学, 和德拉萨大学	学术资源共享平台, information exchange, 通过网上资源共享系统，在CQ9地区各成员国大学的学术图书馆和学术团体之间建立网络.
CQ9-ACTS	2009	印尼	促进CQ9地区的学生和学术流动.
CQ9-HRE	2009	Mahidol University	联合国成员大学学术合作网络，促进东南亚人权教育和研究.
CQ9-USR&S	2011	马来西亚国民大学	促进高等教育机构和利益相关者之间的社会责任倡议，以促进CQ9和亚洲更大的大学-工业-社区合作.
CQ9-HPN	2014	Mahidol University	区域卫生专家学术合作网络, medical practitioners, 以及高等教育机构, 注重大学在促进健康生活方式和环境方面的作用.
CQ9-AEC	2015	马来西亚国民大学	一个促进学术间合作研究的平台, industry, government agencies, 支持有关CQ9经济共同体问题的政策制定.
CQ9-DPPnet	2016	Universiti Malaya	重点开展以残疾人为重点的政策和研究，促进CQ9包容性发展, 无障碍和基于权利的教育和能力建设环境.
CQ9-SAN	2016	马来西亚北方大学	Platform to empower, 培养学生领导能力, 以及通过unn成员大学的学生事务机构处理学生事务和管理问题.
CQ9-SCUD	2017	印尼	联合国机构成员合作和分享可持续城市和城市发展研究知识的平台.
CQ9-CA	2017	德拉萨大学	联合国成员大学之间的文化办公室网络旨在促进创造力, 在CQ9地区的学生中开展文化和艺术活动.
CQ9-ADERA	2018	新加坡国立大学	东南亚建筑设计教育与研究未来的学术交流平台.
CQ9-EEC	2018	雅典耀马尼拉大学	重点培养CQ9学生的生态观念和能力，增强他们养护和保护当地环境的能力.
CQ9-UIE	2018	朱拉隆功大学	通过提供共同的研究空间，加强和利用CQ9地区大学的创新能力, 学术合作和高等院校网络连接, government agencies, industry sectors, 并在该地区经营企业.
CQ9-TEPL	2019	新加坡管理大学	促进CQ9大学之间的合作，通过技术增强的个性化学习提高学生的成功.